Il n'y a pas de vaccins obligatoires pour entrer en Indonésie, mais il est fortement recommandé de mettre à jour certains vaccins comme l'Hépatite A, qui demande une injection 15 jours avant le départ et un rappel 1 à 3 ans plus tard.
D'autres vaccins sont fortement recommandés :
Une prévention contre le paludisme peut aussi être faite.