L'indonésie enregistre une biodiversité incroyable et compte parmi ces espèces animales emblématiques l'orang-outan, le tigre de sumatra ou encore le rhinocéros, sans compter les reptiles comme le dragon de komodo ou encore les espèces aquatiques dont les magnifiques raies mantas.
Malheureusement, bon nombre de ces espèces sont aujourd'hui en danger d'extintion.
L'orang-outan, que l'on peut aujourd'hui observer à l'état sauvage que dans les réserves de Bornéo dans le Parc national de Tanjung Puting ou à Sumatra dans le Parc national du Mont Leuser, est classé comme une espèce en "danger critique d’extinction". La chasse interdite ainsi que la déforestation sont les premières causes de disparition de ces primates.
Le Tigre de Sumatra est aussi une espèce menacée. On la définit comme étant la dernière espèce survivante des tigres d’Indonésie. En 2008, on n'a recensé seulement 700 individus. Pour assurer la survie de l'espèce, un programme de survie a été mis en place en 1990.
Les derniers rhinocéros de Java se trouvent dans le parc national d’Ujung Kulon. Selon l’estimation des spécialistes, il n’en resterait qu’une cinquantaine vivant cachés dans les mares boueuses de la forêt du parc.
Les dragons de komodo est une espèce de varan endémique que l'on rencontre sur l'île de Komodo. Ces gros lézards peuvent atteindre les 2 à 3 mètres de longs.
Aussi riche que variée, il est impossible d'énumérer toute la faune aquatique que contient les eaux chaudes d'Indonésie. Les amateurs de plongée sous marine, auront plaisir néanmoins à plonger auprès des majestueuses raies manta, notamment au niveau de Manta Point sur l'île de Nusa Penida.